癫痫病的诊断是一个比较复杂的过程。有时候，一些癫痫的症状，非常不容易被发觉，譬如一些头痛性癫痫，发作时医生常常误诊为偏头痛，还有腹痛性癫痫，发作时常常被医生误诊为普通的肚子痛。这些癫痫的症状在临床上是极为罕见的，但如果不做详细的鉴别，就轻率地诊断头痛、肚子痛，显然是错误的。
癫痫专家表示：癫痫诊断中应注意两大问题，、是癫痫发作还是非癫痫发作;第二、是癫痫还是癫痫发作。目前出现一种癫痫诊断扩大化的倾向，切忌把任何发作性症状，都视作癫痫性发作，而忽视了其它常见的发作性疾病，如果临床诊断不清者，必要时行长程视频脑电图检查，以明确诊断。
但同时，专家也强调，在临床发作性疾病的诊断中，也要防止将一些非典型性的癫痫发作，如不典型失神、复杂部分性癫痫发作、婴儿痉挛等误诊为非癫痫性发作。
有些患者可能同时有癫痫发作和非癫痫发作。临床医生如果忽视了在原有的癫痫基础上合并其他发作性疾病、或非癫痫性发作，应注意鉴别。如果把非癫痫性发作误以为是癫痫发作，常可导致久治不愈的难治性癫痫。
在2001年，国际抗癫痫联盟制定的关于癫痫发作和癫痫诊断的新分类方案中，列举有癫痫发作但不应诊断为癫痫的8种情况：
1、良性新生儿惊厥
2、热性惊厥
3、反射性发作
4、酒精戒断性发作
5、药物或其它化学物质诱发的发作
6、外伤后即刻或早发性发作
7、单次的癫痫发作，一般不诊断为癫痫，除非有持续再发的倾向和基础
8、极少发生的重复性发作。
